番石榴在搬運或儲藏過程中受到損傷，較容易腐壞發霉。因為果實含水分較多，細菌或黴菌很快就會擴散至整顆番石榴。即使只有一小部分發霉，最好將整顆丟棄。若番石榴表面出現黑斑，可能是番石榴炭疽病。雖然不小心食用炭疽真菌的孢子對人體不會有影響，但口感已大受影響，選購時還是避免為宜。

有人可能會覺得番石榴外皮太酸澀，削去外皮再吃。但外皮含豐富的維他命C，若削掉外皮，降低番石榴的抗氧化作用，影響防癌功效。 另外，購買較軟的番石榴時，要小心清洗，以免表皮在清洗時破損，將維他命C洗掉。番石榴的表皮容易因碰撞造成損傷，市民不應貪便宜，應選擇外皮沒有破損的番石榴，以免將肉眼看不見的細菌吃下肚。