淡水魚魚生跟海水魚魚生有別，前者的細菌、微生物及寄生蟲，適應在淡水系統生活，與人類結構相若，故容易逗留在人類體內，引致不同問題，形容吃淡水魚魚生「是一場賭博」。香港急症科醫學院臨牀毒理科主席劉飛龍亦表示，若體內有過多不合適的寄生蟲，或出現右上腹痛楚，並會出現食欲不振、腹瀉和發燒等徵狀。

港人常吃三文魚魚生，但爭議聲音卻沒有淡水魚魚生大，香港魚類學會會長莊棣華表示，淡水魚的微生物跟人體結構一樣，鹽分較低，當市民進食淡水魚魚生，微生物及寄生蟲便較易在人體體內適應，生存機率高。他續指，寄生蟲在不適當寄主生存，便會攻擊人體，破壞健康。莊棣華指，部分魚場若以小魚養大魚，或將自然的微生物及寄生蟲帶到養魚場，導致大部分魚類受到感染，故他得悉部分養魚場已轉人工飼料，減低感染風險。他形容吃淡水魚魚生，屬「挑戰及一場賭博」，強烈建議煮熟後才進食。

香港急症科醫學院臨牀毒理科主席劉飛龍指，糞便多帶有微生物及寄生蟲，若養魚場附近有化糞池，魚群則容易受到感染。他表示，海水魚一般較少受微生物及寄生蟲感染，因為海大魚少，污染物濃度相對較稀。劉飛龍表示，香港已禁售淡水魚魚生30年，目的就是減少市民感染機會。他補充，若體內只有少量寄生蟲，市民未必能察覺，但積聚至一定數量時，右上腹或會感到痛楚，並會出現食欲不振、腹瀉和發燒等徵狀。